Nedílnou součástí analýzy důsledků nacistické okupace pro represivní zásahy do složení vědecké obce v českých zemích je historiografické studium jednotlivých fází, podob a míst perzekuce vědeckých a intelektuálních elit českých zemí v letech 1939-1945.

Vybraný vzorek 180 osob reprezentativně odráží široké spektrum motivů represivních zásahů německých okupačních úřadů vůči hlavním představitelům vědeckého a intelektuálního života českých zemí druhé poloviny 30. a první poloviny 40. let 20. století – motivy rasově ideologické, snahy o podlomení samotných základů národního společenství, úsilí o likvidaci národního odboje i „pouhou“ likvidaci osob politicky či jinak nepohodlných nacistickému okupačnímu režimu. Široké škále perzekučních zásahů vůči vybraným reprezentantům vědecké a intelektuální elity a jejich nacionální, rasové a politicko-ideologické podmíněnosti odpovídá i struktura a topografie míst utrpení a fyzické likvidace vybraných vědecko-intelektuálních elit. Vedle policejních a vazebních cel, káznic, popravišť a koncentračních táborů k nim patřila i židovská ghetta a nacistické tábory smrti, které se nacházely na území okupovaných českých zemí, okupovaných východních území i samotné Třetí říše.

Právě díky studiu topografie teroru a jeho konkrétních projevů u vybraných zástupců vědeckých a intelektuálních elit se z historiografického zkoumání nacistické perzekuce nevytrácí konkrétní lidské osudy a nezměrné osobní a rodinné utrpení. Tento přístup je také ve spojení s analýzou mocenských instrumentů nacistické okupační moci a fungování jejího perzekučního aparátu nutným předpokladem sociologické analýzy destrukce osobnosti jednotlivce v systému státně institucionalizovaného násilí nacistického režimu.